Por volta de 1700, durante o ciclo do ouro, imigrantes portugueses começaram a se estabelecer nessa região, originalmente ocupada por índios carijós. Durante o século XVIII, grandes pepitas, que chegavam a ter o tamanho de uma batata, foram extraídas, trazendo grande fortuna aos bandeirantes e aventureiros. Posteriormente, passou-se à exploração do ferro, ainda hoje a maior fonte de renda de Congonhas.

O nome da comunidade pode ter vindo da planta congonha, um arbusto medicinal e ornamental bastante comum na região. Em tupi-guarani, a palavra congõi quer dizer “o que sustenta” ou “o que alimenta”. Essa variedade da erva-mate era usada pelos índios, prática que foi adotava pelos jesuítas em forma de chá, sendo consumido ainda nos dias atuais como mate queimado ou chimarrão. Outra versão diz que é a união de coa (mato) e nhonha (sumido), ou “zona em que o mato desaparece”.

Localizada entre serras, a uma altitude média de 1.023 metros do nível do mar, a cidade também se destaca pela arquitetura colonial em estilo barroco e rococó mineiro, principalmente no Santuário do Bom Jesus de Matosinhos, de onde se tem uma bela vista da região. As esculturas de Aleijadinho e os festejos do jubileu atraem milhares de pessoas e muitas das casas no alto do morro foram erguidas para abrigar os romeiros. Apesar disso, o número de moradores se mantém por volta de 55 mil.

Com relação ao clima, a tabela de médias de temperatura mostra que não há uma grande variação ao longo do ano. Entretanto, muda bastante a quantidade e intensidade das chuvas, que podem atrapalhar os passeios. O ideal é ir entre os meses de abril a setembro, quando a chance de precipitação é menor. Já de outubro a março, os dias tem uma duração maior.